병합할 때 인코딩 옵션 설정을 어떻게 했는지, 원본들이 어떤 특성을 갖고 있는지 모르는 상태에서 질문하신 내용만으로 그 이유를 안다면 초능력자나 신일 거라 추측됩니다.

팟인코더에서 해보시고 잘 된다면 팟인코더를 사용하시면 되지 않을까요?

정히 샤나에서 문제 해결을 하고 싶으시다면 좀더 정보를 풀어 주시든지, 샤나 자체의 문제라고 의심되신다면 '오류 파일 보고' 게시판을 이용해서 샤나님에게 리포트하는 방법이 있습니다.

파일들이 문제가 있을 가능성도 있는데 (그게 가장 큰 이유일 거라고 추측됩니다), 그건 걔들이 어떤 특성을 갖고 있는지 하나도 모르겠으니 말할 것도 없구요.

다만 순전히 개인적인 경험에 의하여 추측해서 소설을 써 본다면, 원본 영상들의 프레임 레이트가 서로 다르거나, 변동 프레임 레이트 영상이거나, 프레임 레이트가 같더라도 59.94fps 같이, 많이 쓰이지는 않는 drop frame 프레임 레이트거나 해서 병합시 오디오 쪽과 싱크가 안 맞거나 등등의 이유로 그런 문제가 발생한 것 같습니다.