추측으로는, ass 자막 형식의 한계 때문이 아닐까 싶은데요.

ass 자막은 타임코드 기본 단위가 1/100초(centisecond), srt 자막이나 대부분의 영상은 1/1,000초(millisecond)입니다. ass 자막을 입히는 FFmpeg 필터(ass)가 어긋난 핀트를 제대로 맞추지 못하는 게 아닌가 싶네요.

만약 그렇다면 libass 쪽 문제일 것 같은데... 흠...

어쨌든, 자막에 모션과 스타일이 특별히 없다면 ass 말고 srt로 해보시죠.

자막을 제작할 때 원하는 비디오 프레임에 오차 없이 자막을 출력하려면 자막 출력의 시작 시간을 FFmpeg 기반으로 재생을 한 재생 시간에 맞게 설정해야 합니다.

그러므로 샤나인코더에서 프레임을 미세하게 이동하여 하단에 나오는 재생 시간에 맞춰 자막을 제작해야 해당 시간에 정확하게 자막을 표시할 수 있습니다.