아시는 분은 아시겠지만, 요즘 MP4Box(mp4 컨테이너 형식으로 먹싱해 주는 프로그램)는 오디오 코덱 허용 폭이 꽤 커서 돌비 디지털 포맷인 AC3는 물론 돌비 디지털 플러스 포맷인 E-AC3도 담아냅니다. FFmpeg는 mp4 파일을 만들 때 내부적으로 이 MP4Box를 이용합니다.
그렇다면 FFmpeg 기반인 샤나인코더는 불가능하냐? 그렇지 않습니다. 단지 빠른 설정에 선택 옵션으로 나와 있지 않을 뿐(⇐ 5.2.1 버전부터는 빠른 설정에도 추가), 매개변수 창(F8)을 통해 설정한다면 얼마든지 가능합니다. 실제 샤나인코더에서 활용 가능한 코덱 목록(매개변수 도움말의 샤나 코덱 문서)에도 ac3와 eac3가 명시돼 있습니다.
참고로, 빠른 설정에서 파일 형식을 mkv로 선택해도 오디오 코덱에서 E-AC3가 누락돼 있어(⇐ 5.2.1 버전부터는 빠른 설정에도 추가), 샤나인코더는 E-AC3 인코딩이 불가능한 것으로 아는 분들도 계실 텐데 그렇지 않다는 걸 알려드립니다. 아마 추후 업데이트를 통해 변경되지 않을까 기대해 봅니다.
■ 설정 방법
간단합니다. 파일 형식을 mp4로, 오디오 코덱을 ac3 또는 eac3로 설정하면 됩니다.
-f mp4
-c:a eac3
단, FFmpeg에서는 AC3와 E-AC3 모두 채널을 5.1까지밖에 지원하지 않는다는 점을 주의해 주시면 됩니다.
▲ 5.1채널 원본을 돌비 프로 로직 II 다운믹스를 적용해 E-AC3 코덱으로 스테레오 인코딩 후 mp4 형식으로 출력하는 설정
이렇게 인코딩된 mp4 파일을 미디어인포로 보면 아래와 같이 E-AC3 오디오 스트림이 제대로 mp4로 먹싱됐음을 확인할 수 있습니다.
당연한 얘기지만, 파일 형식을 mkv로 설정해도 상관없습니다. mkv는 코덱 허용 폭이 mp4보다는 훨씬 넓기 때문에 잘 모르겠으면 mkv로 하면 됩니다. 
□ 사족
코덱 자체의 우수성은 CBR만 가능한 AC3나 E-AC3가 Opus는 물론 AAC에도 미치지 못합니다. 나온 지도 꽤 됐기도 하구요. 단지 지원하는 하드웨어들이 워낙 많기 때문에 범용성 측면에서 많이 사용하는 것일 뿐입니다.
하드웨어의 제약으로 AC3나 E-AC3로 인코딩해야 하는 상황이 아니라면 되도록 AAC나 Opus 쪽을 권하고 싶군요. 
