배치 작성이나 스크립팅에 대해 잘 모르신다면 그냥 프리미어 프로나 FCP 같은 영상 편집 프로그램 쓰세요.

afade 오디오 필터를 중복해서 페이드인-페이드아웃을 적용할 수는 있는데 문제가 있습니다.

오디오 필터 부분에,

-af "afade=t=in:ss=0:d=5,afade=t=out:st=875:d=5"

이런 식으로 (5초 페이드 효과) 들어갈 수 있는데, 페이드 아웃은 영상 클립 재생 길이를 계산해서 st 옵션으로 클립마다 다르게 넣어줘야 합니다.

샤나인코더에서 하려면 구간을 잘라 클립을 만들 때마다 일일이 계산해서 입력해 줘야 합니다.

이걸 자동으로 계산하려면 스크립팅이 필요합니다. (DOS, PowerShell, bash 등)

어쨌든 일단 클립들이 만들어진 후라면 합치기는 합치기 모드로 진행하면 됩니다. 원본들에 따라서 스트림 복사를 하든지, 재인코딩을 하든지.

그에 반해 영상 편집 프로그램이라면 비디오 스트림을 반드시 재인코딩하게 되겠지만, 편리하다는 장점이 있으니 선택은 본인의 몫입니다.