이견이 있을 수 있겠지만, 순전히 제 개인적인 의견을 말씀드립니다.

저도 예전에 FFmpeg에서의 스트림 매핑과 샤나인코더에서의 스트림 매핑이 약간 달라서 헷갈렸던 적이 있긴 한데, 샤나인코더에서 편의성을 위해 기능성을 희생한 경우라고 생각합니다. 장단점이 있긴 하겠지만, 인코딩에 대해 잘 모르는 초심자가 실수를 저지르는 걸 방지하는 측면에서는 유용할 수 있다고 생각됩니다.

매개변수 창에서 인코딩 설정 부분에 -map 옵션이 추가되면 샤나인코더의 기본 스트림 선택 기능이 무력화되는 식으로 구현하는 것도 좋지 않을까 생각한 적도 있습니다만, 그렇게 되면 다른 사람의 프리셋을 가져와 적용해보다 원치 않는 오류를 겪는 초심자가 많아질 것 같더라구요. FFmpeg 명령어에 익숙치 않으니 뭐가 문제가 되는지 잘 모르는 상황일 거구요. 극소수(일 거라 짐작되는) 고급 사용자를 위해 다수의 초심자들을 외면하는 건 사용성 측면에서 그리 바람직하지는 않을 듯싶더군요.

그래서 굳이 샤나인코더를 고집하시는 이유가 따로 있지 않다면 FFmpeg 명령어 사용의 자유도가 좀 더 높은 FFmpeg Batch 같은 GUI 프로그램을 쓰시는 것도 괜찮은 방법일 것 같습니다. libfdk_aac가 문제라면, 잘 찾아보면 이곳같이 nonfree FFmpeg 실행 파일을 빌드해서 배포하는 깃헙 저장소도 있습니다. 약간의 편의성을 희생한다면 꽤 괜찮은 선택일 거라 생각됩니다만...