스트림 복사를 하셨다면 평균 프레임 레이트가 이상하게 되지만 그래도 많은 경우 오디오 싱크가 어긋나지는 않는데, 재인코딩을 하신 모양이군요.

오디오가 먼저 끝나지만 일정한 비율로 싱크가 틀어진 것 같다면 비디오는 스트림 복사, 오디오는 atempo 필터를 적용해 재인코딩하는 방법을 시도해 보시면 어떨까요?

템포 매개변수 값을 (비디오 재생 길이)/(오디오 재생 길이)로 시도해서 오디오 재생 길이를 비디오에 맞춰 늘려보시고, 만약 그래도 싱크가 어긋난다면 영상/오디오 편집 프로그램을 쓰시는 방법밖에 없지 않을까 싶네요.