무작정 60000/1001로 말고 원본 프레임 레이트의 2배수, 즉 48000/1001로 맞춰서 해보시죠.

24에서 60프레임으로 가려면 텔레시네하듯 풀다운을 해야 하는데 프레임 더블링 시에는 그게 매끄럽게 진행되지 않을 가능성이 큽니다.

특히나 minterpolate 같은 복잡한 알고리듬이 들어간 필터를 적용하는 경우엔 더 그렇죠.

시간 절약을 위해서, 만족스럽지 못했던 부분만 오른쪽 클릭 ⇒ 구간 설정해서 적용해 보세요.

만약 그렇게 해도 만족스럽지 못한 결과가 나온다면 어쩔 수 없습니다. FFmpeg의 minterpolate 필터의 한계라고 봐야죠.

저 같으면 그럴 경우 MeGUI나 StaxRip 같은 툴을 써서 AviSynth의 QTGMC, SVPFlow 필터를 적용해볼 것 같네요.