난이도가 좀 있지만, 가능합니다.

1) 1 비디오/1 오디오를 가정한 빠른 설정(F6)을 포기하고 매개변수 창(F8)에서 직접 인코딩 설정을 하는 것이 이상적입니다.

(빠른 설정에서 오디오 인코딩 설정을 하면 모든 오디오 스트림이 동일한 설정으로 인코딩됩니다.)

2) 목록에서 파일을 오른쪽 클릭 ⇒ 비디오/오디오 스트림 선택에서 원하는 오디오 스트림을 추가해 줍니다.

예를 들어 아래와 같이 하나의 비디오 스트림과 세 개의 오디오 스트림으로 구성된 동영상에서 default인 첫 번째 일본어 오디오 스트림 외에 한국어인 세 번째 오디오 스트림까지 같이 인코딩하고 싶다면 아래와 같이 스트림 추가를 합니다.

이때 오른쪽에 나타나는 0:1, 0:3은 첫 번째 입력 파일(0)의 두 번째 스트림(1), 첫 번째 입력 파일(0)의 네 번째 스트림(3)이라는 의미입니다. (0부터 카운트. 비디오는 당연히 첫 번째 스트림)

3) 매개변수 창(F8)을 열어 인코딩 설정 부분에 예를 들어 다음과 같이 설정합니다.

 -f mkv // 파일 형식을 mkv로

 // 오디오 코덱을 AAC나 MP3로만 인코딩할 때는 파일 형식을 mp4로 해도 가능하지만 다른 코덱으로 인코딩할 필요가 있을 때는 파일 형식을 mkv로 해야 합니다.

 -c:v libx264 -profile:v high -level auto -preset medium -tune:v none -crf 23.0 // H264 퀄리티 모드 인코딩

 -c:a:0 libfdk_aac -ac:a:0 2 -b:a:0 128k -fdkprofile he // 첫 번째 오디오를 스테레오 HE-AAC 128kbps로 인코딩

 -c:a:1 libmp3lame -ac:a:1 2 -b:a:1 96k // 두 번째 오디오를 스테레오 MP3 96kbps로 인코딩

 -sn -map_metadata -1 -map_chapters -1

 -metadata:s:v:0 language=jpn -metadata:s:a:0 language=jpn -metadata:s:a:1 language=kor // 비디오와 첫 번째 오디오 언어는 일본어, 두 번째 오디오 언어는 한국어

 -disposition:a:0 default // 첫 번째 오디오를 default로 설정

(// 이하 뒷부분은 인코딩 설정 부분에서 제외해야 합니다.)

핵심적인 부분은 a:0, a:1입니다. 두 개의 오디오를 구분하기 위해 첫 번째 오디오는 설정에서 반드시 a:0이 들어가야 하고 두 번째 오디오는 a:1이 들어가야 합니다.

이렇게 명령 옵션 뒤에 ":"을 붙여서 스트림을 선택하도록 한 것을 스트림 지정자(stream specifier)라고 하는데, 여러 개의 스트림을 구분할 때는 반드시 사용해야 합니다.

샤나에서 오디오 코덱은 libfdk_aac (AAC 인코더), libmp3lame (MP3 인코더), libopus (OPUS 인코더), 비트레이트를 설정할 수 없는 무손실 코덱인 flac (FLAC 인코더) 등이 있습니다.

혹시 만에 하나 프리미어로 하는 방법을 물으신 거라면 엉뚱한 데서 답을 찾지 마시고 관련 커뮤니티에 가셔서 질문하시기 바랍니다.