FFmpeg에서 챕터 기반으로 구간 잘라내기를 하려면 챕터의 타임스탬프를 뽑아내서 -ss와 -t/-to 옵션을 적용해야 합니다.

(이 게시물 참고)

이게 스크립트 처리가 필요한데, 샤나인코더에서는 아직 그 기능은 없는 것으로 압니다.

챕터 기준으로 구간 잘라내기를 할 수 있는 대표적인 앱으로는 Handbrake가 있습니다.

Handbrake를 사용하시는 게 간편한 방법일 겁니다. 어차피 같은 FFmpeg 기반이라 사용법은 샤나인코더와 별반 다르지 않습니다.