프레임 레이트설정, 영상사이즈변경, 오디오비트레이트, 샘플레이트를 설정해야 싱크가 어긋나지 않습니다.

원본 정보가 없으니 그냥 추측해 보면, 아마 두 번째 동영상의 비디오 스트림 PTS(presentation timestamp) 정보가 음수로 기록된 부분이 있어서 밀려서 그러는 것은 아닐까 생각됩니다.

코덱이 특이한 건가요? 그러기도 쉽지 않은데, 흠...

어쨌든, 이 경우 스트림 복사가 아닌 재인코딩으로 병합하시면 싱크 어긋남 문제가 해결될 수 있을 겁니다. 그렇지만 이렇게 하면 재인코딩에 따른 화질 열화는 피할 수 없겠죠.

화질 열화를 피하기 위해 많은 분들이 재인코딩 없는 자르기/이어붙이기를 선호하시는데, 이 경우엔 아예 동영상 자르기/이어붙이기 전문 툴을 쓰시는 게 더 속편하실 겁니다.

검색해 보시면 여러 툴들이 있습니다. 반디컷, SolveigMM Video Splitter, Avidemux, LosslessCut, VidCutter 등등. 편하신 툴로 쓰시면 되겠습니다.