확인 결과 자막 파일 문제로 smi 파일 자막이 아닌 srt 파일 자막이며
샤나인코더는 확장자 상관없이 자막을 인식 하나
자막 파일 내용 구조에 : 다음에 좌우로 공백이 있어 인식을 못했습니다.

*메모장으로 자막을 열면 시간 부분이 00:00:00, 이런 식이 아니라 아래와 같이 공백이 있어서 인식을 못하였습니다.
00 :00 :25 or 00 : 17 : 34

*해결 방법은
" :" 와 ": " 를 모두 공백 없이 ":"로 모두 바꾸기를 해주시면 됩니다.
메일로 자막 파일을 수정하여 보내드리겠습니다.
해당 자막은 sami(smi) 자막이 아니므로 수정된 파일 확장자는 smi가 아닌 srt로 변경해서 보냅니다.

이 댓글을 봐도 확장자는 srt가 아니라 괜찮은것 같은데 무엇때문인가요 ㅠㅠ? 

빠른설정의 설정값도 정상적입니다!

혹시 맑은고딕 bold체 좋아하시면 이 프리셋 써보세요