ass나 ssa 자막 파일을 수정하는 프로그램은 Aegisub이 가장 많이 쓰입니다.
http://www.aegisub.org/
굳이 Aegisub이 아니더라도, 어차피 자막 파일은 텍스트 파일이므로 아무 텍스트 에디터로 편집하셔도 됩니다. (문법만 익숙하시다면...)

ass 자막을 쓰는 주된 이유는 화면상에서 번역이 필요한 임의의 위치(칠판, 간판 등)에 원하는 스타일의 자막을 넣거나 자막에 효과를 적용할 수 있기 때문이고, 그런 이유로 주로 애니메이션에 많이 쓰입니다.

만약 갖고 계신 자막이 위치 설정이나 효과, 스타일 등을 무시해도 된다면 Aegisub에서 srt로 변경해서 샤나로 인코딩하시길 권장합니다.

그리고 대체 글꼴은 시스템의 기본 글꼴이 무엇이냐에 따라 결정되는 걸로 알고 있습니다만... 샤나에서 따로 지정하지는 않는 걸로 알고 있는데, 제가 잘못 알고 있을 수도 있습니다. ass 자막 넣기는 안 해봐서... 누구 알고 계신 분이 답변해 주시면 좋겠네요.

결국 제가 댓글을 달게 됐군요.

죄송합니다. 제가 착각하고 있었습니다. 원본 자막 파일이 SMI든 SRT든 샤나에서는 ASS/SSA 포맷으로 softburn(동영상 파일 내에서 자막을 별도의 스트림-트랙-으로 먹싱)하는 걸 확인했습니다.

<샤나로 먹싱한 SRT 자막이 MKV 내에 ASS 형식의 자막 트랙으로 변환>

<MKVtoolnix 프로그램으로 먹싱한 SRT 자막이 MKV 내에 텍스트 형식(SRT)의 자막 트랙으로 보존>

따라서 샤나로 softburn하며 CC(Closed Caption)를 먹싱할 경우 자막이 무조건 스타일이 지정됩니다.

프리셋을 텍스트 에디터로 열어보면 다음과 같이 기본 스타일의 폰트가 나타납니다.

자막 스타일을 바꾸려면 텍스트 에디터로 직접 폰트 이름을 수정하셔도 되지만 [빠른 설정]의 [영상/자막] 섹션에서 지정하는 게 좋겠죠.

여기서 '영상에 자막 입히기'를 체크하지 않으면 softburn이 되어 자막 트랙이 동영상에 따로 들어가는 거고 (즉, Closed Caption이 된다는 의미), 체크하면 hardburn이 되어 자막이 아예 동영상의 일부가 되어 인코딩이 되는 겁니다. 이와 같이 어떤 경우를 선택하든 샤나에서는 글꼴이 스타일로 지정이 됩니다.

따라서 동영상을 재생할 때 hardburn이 된 동영상의 경우 해당 글꼴이 시스템이 있는가 여부와 상관없이 어차피 영상의 일부인 자막이 출력되지만, softburn 된 경우(closed caption으로 존재하는 경우) 해당 글꼴이 시스템에 없다면 대체 글꼴로 자막이 출력되는 것입니다.

따라서 SMI, SRT 자막 파일이 그냥 텍스트 파일로 먹싱되길 원하신다면 샤나가 아닌 MKVtoolnix 같은 MKV 전문 먹싱 프로그램을 쓰시기를 권합니다.