샤나는 힘듭니다. MKVToolNix GUI로 하세요. 만약 mp4가 필요하면 샤나로 다시 리먹싱하면 됩니다.

단계 거치는 게 귀찮으면 FFmpeg로 하면 됩니다. A와 B 둘을 입력으로 받고 -map을 이용.

예를 들면,

ffmpeg -i A.mp4 -i B.mp4 -map 0:v -map 1:a -c copy OUTPUT.mp4

자세한 건 FFmpeg 매뉴얼 참고하세요.