ADTS는 그냥 AAC의 헤더이기 때문에 바디(내용물)은 차이가 없습니다.

실시간 스트리밍이 목적인 방송용 Transport Stream(*.ts)이 아니라면 ADTS를 사용하여 헤더를 계속 붙일 이유가 없습니다. 때문에, 동영상 인코딩시 일반적으로는 ADIF 단일 헤더로 처리됩니다.

샤나인코더에서도 확장자 ts, 영상코덱 mpeg2, 오디오 AAC 고르고 인코딩하시면 자동으로 ADTS 붙어서 나옵니다.

그냥 aac 바디에 adts 헤더를 붙이고 싶으신 거면, ffmpeg에서 출력파일 확장자명 aac로 하시고, -f adts 로 하시면 됩니다.