하위폴더 구조 그대로 엔코딩 파일 생성 안될까요?

아래쪽 폴더단위 추가 문의 올렸었습니다.

드래그엔 드롭 은 여전히 안되지만 

상단 메뉴바에서 폴더추가 메뉴를 찾았네요. 
폴더단위로 파일은 대기 리스트에 추가하는 것은 가능하네요.

그런데 이걸 엔코딩 하면 작업폴더에 작업된 파일들만 주루룩 생성됩니다.

폴더 구조를 그대로 생성되면서 작업된 파일들이 생성되게 할 수 없을까요?